Trường THCS Yên Ninh thành lập tháng 8 năm 1967 là thời kỳ của cuộc chiến tranh leo thang phá hoại miền Bắc của đế quốc Mỹ rất ác liệt, trường được mang tên là trường cấp II "Ba đảm đang" Yên Ninh 100% giáo viên nữ. Trường chỉ có 3 phòng học địa điểm của trường đặt tại Lũ Phong xã Yên Ninh Huyện Ý Yên. Khóa 1 tuyển sinh được 3 lớp: 2 lớp 5 và 1 lớp 6. Cô Ngô Thị Thuấn xã Yên Lợi Ý Yên làm Hiệu Trưởng.

Từ năm 1969 đến năm 1972 trường chuyển về địa điểm thôn Ninh Xá  xã Yên Ninh trường gồm 8 lớp học: 4 lớp 5 , 2 lớp 6 và 2 lớp 7. Những hình ảnh cô trò đội mũ rơm vai mang túi bông băng, chân lấm tay bùn  xuống hầm chữ A trú ẩn những khi có máy bay Mỹ đã đi vào lịch sử của một dân tộc.

Năm 1973 dưới sự chỉ đạo cảu các cấp ủy Đảng và chính quyền địa phương, nhân dân ủng hộ cây tre, viên gạch, hòn ngói để xây dựng lớp học, nhà ở cho các cô giáo, trường chuyển về địa điểm hiện nay trung tâm xã Yên Ninh với quy mô 12 lớp học khoảng 495 học sinh và 13 giáo viên.

Năm 1977 do yêu cầu mới của trường cấp II "Ba đảm đang" Yên Ninh được nhập vào trường cấp I của xã gọi chung là trường PTCS Yên Ninh. Trường PTCS Yên Ninh do thầy Bùi Đình Liễn làm Hiệu trưởng tổng số học sinh cấp 2 khoảng 560 học sinh có 14 lớp  từ lớp 5 đến lớp 8.

Năm 1990 theo qui định của Bộ Giáo Dục và Đào Tạo thống nhất nền giáo dục của cả nước phải hoàn chỉnh hệ thống giáo dục 12 năm theo các bậc học, ngày 30/06/1990 UBND Huyện Ý Yên đã ra quyết định thành lập trường THCS Yên Ninh. Tiếp nhận cở sợ vật chất gồm khu văn phòng và 15 phòng học toàn bộ phòng học nhà cấp 4.

Năm 1998 được sự quan tâm đầu tư của Đảng ủy, HĐND, UBND sự đóng góp của nhân dân, nhà trường được xây dựng 2 dãy phòng học 2 tầng gồm 12 phòng học và khu văn phòng.

Năm 2007 trường  tiếp tục xây dựng 2 khu nhà 2 tầng gồm 2 phòng học và phòng chức năng " Trường ra trường, lớp ra lớp".

Năm 2009 Đảng Ủy, UBND cho xây dựng hoàn thiện 5 phòng chức năng đã đưa trường THCS Yên Ninh trở thành một trong những trường có quy mô trường THCS Lớn của Huyện Ý Yên  với tổng số học sinh là 669 chia làm 16 lớp. Đội ngũ giáo viên là 42 thầy cô, do Thầy Phạm Hải Đăng là Hiệu trưởng nhà trường. Ngay từ đầu năm 2009 đến 2010 nhà trường đã chủ động lập kế hoạch xây dựng trường chuẩn Quốc giao theo quy chuẩn của Bộ Giáo Dục và Đào Tạo. Kế hoạch này được UBND huyện phòng Giáo Dục và Đào Tạo huyện Ý Yên phê chuẩn và trực tiếp được sự lãnh đạo của Đảng ủy và sự  quan tâm của chính quyền và nhân dân địa phương đã tiến hành xây dựng và tu bổ, hoàn thiện các phòng học, các phòng bộ môn, các phòng chức năng, mở rộng diện tích nhà trường được UBND tỉnh Nam Định công nhận là trường đạt chuẩn Quốc gia.

Năm 2010 nhà trường được UBND Tỉnh Nam Định  công nhận trường đạt chuẩn quốc gia.

Năm 2013 Sở giáo dục và đào tạo công nhận trường THCS Yên Ninh được đánh giá đạt tiêu chuẩn chất lương giáo dục cấp độ 3.

Qua các thời kỳ trường đạt các thành tựu cơ bản sau.

Hằng năm tốt nghiệp THCS đạt 100% trong đó có 80 đến 90% khá giỏi, đõ vào lớp 10 THPT đạt từ 75% trổ lên

Đến nay nhà trường đã có:

1. Sô học sinh tốt nghiệp THCS là 8520 em.

2. Những học sinh từ nhà trường ra đi đã phấn đấu có trình độ cao:

+ 5 tiến sỹ - 47 thạc sỹ - 01 học sinh giỏi quốc tế - 07 học sinh giỏi quốc gia, học sinh giỏi cấp tỉnh, huyện lạ 235 em.

3. Học sinh là cán bộ cao cấp giữ chức vụ trong Đảng và nhà nước:

01 vụ trưởng - tổng giám đốc: 05 và phó giám đốc 36.

4. Học sinh là cán bộ cấp cao trong quân đội.

Đại tá 06 - thượng tá 08

Đội ngũ thầy giáo, cô giáo trong các năm tham gia hội giảng đều đạt giáo viên giỏi cấp huyện, cấp tỉnh. Đến nay đã có 02 cô giáo là giáo viên giỏi cấp tỉnh, 17 thầy cô giáo là giáo viên giỏi cấp huyện. Trong công tác thi đua khen thưởng nhà trường  luôn được phòng giáo dục và đào tạo  đánh giá là trung tâm chất lượng cao về giáo dục.

Chi bộ Đảng và nhà trường luôn luôn là chi bộ trong sach vững mạnh xuất sắc.

Công đoàn nhà trường được tặng nhiều giấy khen, bằng khen của công đoàn ngành, liên đoàn  lao đọng tỉnh

Đoàn TNCS Hồ Chí Minh và Đội TNTP Hồ Chí Minh được Huyện đoàn và tỉnh đoàn tặng bằng khen